尽管氢燃料电池车有着无可比拟的优势，但在商业运营者眼中，它仍存在着巨大的发展障碍。
汽油只能依靠一种能源生产，即石油；但氢气的生产原料多种多样，有石油、天然气、太阳能、水、风力。因此，一旦氢能源经济出现，且价格较石油有绝对竞争优势，就会对石油巨头们产生巨大冲击，所以，这些巨头是氢燃料发展的抵制者。他们不会轻易配合建设加氢站。
在美国， 通用汽车公司曾经提出将城市加油站全部转为加氢站的想法。但据美国业内人士估计，以每个加油站的改装成本为40万至50万美元计算，仅改装美国1/3的修配站，就需要投资300亿美元。这令石油巨头们望而生畏。更不要说中石油或中石化，如果没有政府支持，让其掏大钱建立加氢站恐怕很难。而且加氢站建成后，其传统的加油站会受到多少影响，也在其考虑之中。
现有的汽车制造商是否能接受氢燃料电池车的量产也是一大问题。一旦氢燃料电池车进入商业化，汽车业将发生翻天覆地的变化。一些在内燃机汽车上占据优势的汽车企业将不得不调整其生产设备，尤其是发动机设备和总装设备，很可能其在内燃机车投入了财力在未收回成本前就毁于一旦，因此从内燃机车转向只需加10%乙醇、无需对汽车配件进行大改动的技术，将是这些企业最能接受的。
当然，消费者的顾虑是最大障碍。目前行驶在北京大街上的梅赛德斯－奔驰氢燃料电池公共汽车售价200万美元。尽管配有神力科技的氢燃料电池车价值数百万元人民币，但在连百万元的房产也难以负担的普通中国国民中，推广氢燃料电池车，基本上不可行。
不过，在胡里清看来，这一切总有解决方案，“未来氢燃料汽车的成本将越来越低，其商业推广价值也会越来越大。”
目前，氢燃料电池车价值高主要是因为发动机成本高，每千瓦约1万元。一辆马力为50千瓦至60千瓦的桑塔纳，其发动机成本至少在50万元左右。桑塔纳内燃机的价格不足氢燃料电池车的二十分之一。普桑售价7万元至8万元，按惯例发动机成本占整车成本的20%至30%，因此估算实际上其内燃机发动成本低于2万元。
“当达到千辆发动机的产量后，成本将进一步降低，可能达到每千瓦3000元至5000元。”胡里清表示，“若达到万辆产能，发动机的每千瓦成本为1000元左右。”
另外，2005年2月16日正式生效的《京都议定书》也许将成为氢燃料电池车发展的一个重大转折点。因为造成温室效应的主要“罪人”就是内燃发动机汽车排放的尾气。
《 京都议定书》是人类历史上首次限制温室气体排放的法规。计划到2012年之前，主要工业发达国家温室气体排放量将在1990年的基础上平均减少5.2%。从2008年到2012年必须完成的削减目标是：与1990年相比，欧盟削减8％、美国削减7％、日本削减6％、加拿大削减6％、东欧各国削减5％～8％；发展中国家则没有减排义务。
———来自上汽、神力科技、飞驰绿能的报道